WAYF-kontoret i Lyngby driver og udvikler WAYF-systemerne, herunder støttefunktioner til adminstration og overvågning af infrastrukturen.
Infrastrukturen som WAYF-systemerne kører på, drives og overvåges af NORDUnet (www.nordu.net), som er et dansk selskab ejet af de nordiske forskningsnet.
WAYFs systemer kører alene i Danmark, sådan at de data som behandles i WAYFs systemer, forbliver på dansk grund og dermed er omfattet af dansk lovgivning.
De centrale WAYF-systemer, som anses for afgørende for at WAYF's basale funktionalitet er tilgængelig, drives på redundant vis (servere, netværk, HSM'er, strøm mv.), geografisk adskilt på Sjælland med ca. 30 km.
Drift og vedligehold af den basale infrastruktur (VMware, net m.v.) styres fra NORDUnets afdeling i Aalborg. WAYF-systemerne drives og vedligeholdes fra kontoret i Danmark.